Samarbetet inom EU har inverkan på Migrationsverkets dagliga verksamhet och påverkar bland annat asylprocessen, anhörginvandringen, arbetskraftsinvandringen och andra stora migrationsfrågor. Förutom det löpande arbetet som pågår inom EU har Migrationsverket ett nära samarbete med flera internationella organisationer och deltar i flera nätverk.